Eine Bootsfahrschule unterrichtet den Schüler in den für die Führung eines Bootes erforderlichen Fähigkeiten und bereitet ihn auf den Erwerb der entsprechenden Bootsführerscheine vor. Eine gute Bootsfahrschule zeichnet sich neben der sicheren Vermittlung praktischer Fähigkeiten durch gut aufbereitete Unterlagen für das eigenverantwortliche Lernen und einen gut strukturierten theoretischen Unterricht aus. Der Besuch einer Bootsfahrschule kann am Heimatort erfolgen, sofern sich dort ein ausreichend großes Gewässer befindet, reizvoll ist aber auch ihr Besuch während eines Urlaubs. Der Erwerber eines Bootfüherscheines muss sich aber bewusst sein, dass jede Bootsfahrschule auf die Besonderheiten des Gewässers, auf welchem die praktischen Übungen erfolgen, vorbereitet und sich vor jeder Fahrt auf einem anderen Gewässer mit dessen Besonderheiten vertraut machen.
Die Fahrerlaubnis gilt auf den meisten Gewässern, lediglich für den Bodensee ist eine Ergänzung grundsätzlich erforderlich.

Segelschein
Ein Segelboot ohne Motor kann auf den meisten Gewässern ohne den Nachweis einer entsprechenden Befähigung gesteuert werden. Dennoch ist der Besuch einer Bootsfahrschule zu empfehlen, damit fundierte Kenntnisse über das Segeln erworben werden und eine angemessene Reaktion in Gefahrensituationen eingeübt wird. Der Erwerb eines Segelscheines ist trotz seiner Freiwilligkeit auch aus dem Grund zu empfehlen , dass die meisten Verleihstationen ein Segelboot nur an dessen Inhaber ausleihen.

Surfschule
Rechtlich gilt ein Surfbrett als Wasserfahrzeug, so dass auch auf dieses die entsprechenden gesetzlichen Bestimmungen anzuwenden sind. Besonders an den Küsten der beliebten Surfreviere ist die Surfschule häufig Bestandteil einer Bootsfahrschule. Eine rechtliche Verpflichtung zum Führerscheinerwerb besteht für Surfbretter jedoch nicht.

Sportbootführerschein
Die beiden wichtigsten Führerscheine im Schiffsverkehr stellen die Sportbootführerscheine Binnen und See dar. Eine nicht direkt an der Nord- und Ostsee oder einer ihrer Buchten gelegene Bootsfahrschule kann durchaus den Unterricht für den Sportbootführerschein See erteilen, ebenso lässt sich die Prüfung auch auf mehreren Binnengewässern ablegen. Diese Regelung ist möglich, da sich die speziellen Kenntnisse, welche das Fahren auf der See erfordert, auch in anderen Gewässern simulieren lassen und die Abfrage der theoretischen Kenntnisse ohnehin nicht an einen bestimmten Ort gebunden ist.
Vorgeschrieben ist der Sportbootführerschein für das Führen eines Bootes ab einer Leistung von 3,68 kW, in einigen Bundesländern sowie in mehreren europäischen Nachbarländern sind leicht befahrbare Binnengewässer von der Führerscheinpflicht ausgenommen und erfordern lediglich eine sorgfältige Einweisung.
Wichtig ist, dass die Sportbootführerscheine Binnen und See unabhängig voneinander erworben werden und einander nicht einschließen. In vielen Fällen bietet die Bootsfahrschule kombinierte Kurse zum Erwerb beider Berechtigungen an, dabei sind jedoch immer zwei getrennte Prüfungen zu absolvieren.

Freiwillige Erweiterungen
Rechtlich erlaubt der Sportbootführerschein See das Befahren aller Weltmeere zu privaten Zwecken auch außerhalb der Drei- bzw. Zwölfmeilenzone. In der Praxis ist aber sowohl das Fahren in küstennahen Gewässern als auch das Fahren über das offene Meer mit besonderen Gefahren behaftet, welche in den Grundkursen zum Sportbootführerschein nicht behandelt werden. Aus diesem Grund empfiehlt sich der freiwillige Besuch einer Bootsfahrschule zum Erwerb des Sportküstenschifferscheines sowie des Sporthochseeschifferscheines. Auch wenn diese Führerscheine nicht vorgeschrieben sind, kann ihr Fehlen bei der Untersuchung eines Unfalls seitens des Seeamtes als Hinweis auf mangelnde Kenntnisse des Schiffsführers interpretiert werden.
Bei einem erstmaligen Aufenthalt in einem unbekannten Gewässer ist eine besonders auf dieses abgestimmte Einweisung sinnvoll, wie sie häufig von örtlichen Bootsfahrschulen angeboten wird. In Deutschland und den Niederlanden gilt eine spezielle Einweisung besonders im Wattenmeer als notwendig, da die besonderen Bedingungen in Gezeitengewässern beim Erwerb des Sportbootführerscheines See kaum angesprochen werden.

Auswahl einer Bootsfahrschule
Neben der Entscheidung für den Erwerb des Bootführerscheins im Urlaub oder in der Freizeit an Arbeitstagen ist das Preis-Leistungsverhältnis der Bootsfahrschule zu beachten. Da die Prüfungen für beide Sportbootführerscheine nur das absolut notwendige Grundwissen abfragen, ist ein über dieses hinausgehender Unterricht sinnvoll, auch wenn eine diesen anbietende Bootsfahrschule nicht extrem günstig sein kann. Eine etwas höhere finanzielle Leistung für eine fundierte Ausbildung lohnt sich nicht zuletzt aus Sicherheitsgründen.